علت این موضوع در سطح عملیات حرارتی صورت پذیرفته بر روی شیر می باشد.

به گزارش زیست آنلاین،  شیر ارگانیک به علت نوع بازار مصرف و سیستم توزیع تجاری تحت عملیات پاستوریزاسیونی با عنوان UHT قرار می گیرد که شامل گرمایش با بیش از ۲۸۰ درجه فارنهایت به مدت دو ثانیه است در حالی که برای شیر معمولی این دما ۱۶۱ درجه فارنهایت و به مدت حداقل ۱۵ ثانیه می باشد که به آن HTST می گویند. در نتیجه ی این فرآیندها در روش HTST میکروارگانیسم هایی که سبب بیماری می شوند از بین می روند ولی برخی ارگانیسم هایی که باعث فساد می شوند زنده می مانند. اما در روش UHT عملا تمامی میکرو ارگانیسم ها از بین می روند و در نتیجه شیر ارگانیک ماندگاری بالاتری نسبت به شیر معمولی دارد.